自动化工程师的专业知识技能主要包括以下几个方面：

1. 电气自动化技术基础：掌握电路原理、电子元器件、电机原理等基础知识。
2. 控制理论与算法：熟悉控制理论，包括系统的动态模型、控制法则和控制算法，如PID控制、模型预测控制等。
3. PLC编程与组态软件编写：能够熟练进行PLC编程，开发上位机软件，使用CAD等相关软件设计制图。
4. HMI界面设计：了解人机界面设计的基本原则，掌握常用的HMI界面设计软件。
5. 网络通信：具备网络通信知识，能够实现设备间的数据传输和信息共享。
6. 项目管理：具备一定的项目管理能力，能够组织和协调自动化工程项目的实施和运作。
7. 团队协作与交流能力：能够与上下游相关部门进行有效的交流和协调，确保自动化工程项目的顺利进行。
8. 持续学习与适应能力：随着技术的不断发展，自动化工程师需要不断学习新技术和新知识，以适应行业的变化和发展。

综上所述，自动化工程师需要具备多方面的专业知识和技能，包括电气自动化技术基础、控制理论与算法、PLC编程与组态软件编写、HMI界面设计、网络通信、项目管理、团队协作与交流能力以及持续学习与适应能力等。这些知识和技能将有助于自动化工程师更好地完成工作任务，提高工作效率和质量。